宗旨：
繼承和發揚傳統中醫學並整合現代醫學，促進醫學發展培養兼具中西醫學專業知識及中西醫臨床診療思維與能力的醫師。培養以全人醫療為中心，具人文素養、醫學倫理與視病猶親的中西醫師。培養自主性與終身學習的能力，以促進中西醫學結合的研究與發展。
沿革：
民國四十七年，覃勤、陳固、陳恭炎等前輩號召國內中醫界人士集資興築，台中市創立了中國醫藥大學，開啟了台灣地區中醫學術正規教育之發端。校宗旨為「恢復傳統中國醫學；吸收西方醫學新知，融入中國傳統醫學」與「促使中西醫融會貫通，進而建立新醫學體系」。
中醫學系創立於民國五十五年，為落實創校理念與培育新一代兼具中、西醫學完整資歷之人才，經核准設立中醫科（後改名為中醫學系），修業六年，中西醫兼修；從第二屆開始改為七年，畢業後參加中、西醫師檢覈考試。
自八十五學年度起辦理加修醫學系為雙主修，具雙主修資格者修業年限延長為八年。於九十二學年度招生名額即分為七年制中醫學系計六十名；加修醫學系為八年雙主修計六十名。但自九十三學年度起招收120名，並於一年級暑假依 「中國醫藥大學中醫學系修讀醫學系雙主修辦法」舉辦加修醫學系為雙主修之考試，名額為六十名，其餘名額為單修。
自九十五學年度起招生分甲、乙兩組，甲組學生得依 「中國醫藥大學中醫學院中醫學系修讀醫學院醫學系雙主修辦法」之規定申請加修醫學系為雙主修，乙組為七年單主修制。