沿革：
本系創立於民國四十七年八月，秉承仁（視病猶親）、慎（修己善群）、勤（終生學習）、廉（術德兼修）的校訓，延伸為醫學系的教學使命如下：
- 價值觀--在照顧病人及各方面學習上「以全人為中心」及「視病猶親」的態度，而且盡其所能，負起攸關預防保健之社會責任。
- 技能--培養學生綜合判讀各項診察結果及基本治療技巧之能力，而且有與病患、同儕及其他醫療人員有效溝通或合作之能力。
- 知識--訓練學生成為通才醫師所需具備一般醫療工作 的中西醫學知識，而且有自我學習、終生學習 新知的能力。
- 態度--培養學生重視病人福祉及醫學倫理，依社會的需求，提供照顧個人、家庭、及社區之高水準醫療服務。
特色：
- 問題導向學習（Problem Based Learning，PBL）教學，培養學生批判性思考，主動學習與終生學習的習慣。
- 醫學生參與教授研究群：在一、二年級階段，我們鼓勵學生加入教授的研究群，以及早接觸實驗室研究，培養未來的醫師科學家（physician scientist）。醫學系基礎醫學老師研究室及附設醫院的臨床醫學研究部，有相當豐富的資源可供學生選擇，利用課餘時間及寒暑假參與老師的研究，優秀者鼓勵爭取國科會學生型計劃及參與暑期美國實驗室短期研究計劃。
- 學生自主活動，訓練學生求學、求知以及做事的方法及歷練。醫學系近幾年來學生自主活動在老師從旁輔導下辦得有生有色，包括：
- 醫學新生迎新活動，有希伯拉底誓言，夜燒...等四天三夜充實的內涵，讓剛離開高中的新生體會醫學生的未來。
- 高中醫學營每年吸引大批高中生報名。
- 醫四授袍典禮，讓即將踏入臨床服務及學習的學長姐體認穿上白袍的神聖。
- 「以病人為友」的活動，讓低年級同學初嚐病患與家屬的「同理心」。
- 「柳川學思」邀請各領域講座。
- 臨床醫學課程以病人為中心的學習從實作中學習。
- 依據美國畢業後醫學教育評鑑委員會(ACGME) 訂定本系醫學生畢業所須具備六大核心能力：課程及評皆考量讓學生達到這些核心能力為目標。